Потенциальной угрозой для сои могут быть: ростковые мухи, проволочники, личинки, гусеницы подгрызающих совок, клещи (паутинный клещ).

С целью предотвращения появления вредителей и их уничтожению применяются следующие методы:

- соблюдение севооборота;

- подготовка (протравливание) посевного материала;

- выполнение глубокой вспашки и частое рыхление почвы с целью ограничения появления почвенных вредителей;

- удаление пожнивных остатков, которые являются местом зимовки многих вредителей;

- выращивания второго урожая;

- использование сертифицированных химических и биологических препаратов (инсектицидов) разрешенных для защиты сои от вредителей.